Всичко започва в средата на XIX век, когато българската общност в Цариград (днес Истанбул) започва да настоява за самостоятелна църква, отделена от гръцката Патриаршия. На 9 октомври 1849 г. богатият търговец Стефан Богориди, с ранг на висш чиновник в Османската империя и внук на Софроний Врачански, подарява на българите парцел земя с дървена къща, която скоро се превръща в параклис – първата българска църква в столицата на Османската империя.

С нарастване на българското население и борбата за самостоятелна Екзархия, се ражда идеята за по-величествен храм. Така на 25 юни 1890 г. е издаден султански ферман, с който се разрешавало на Екзархията да построи на мястото на дървената църква нова.

По инициатива на екзарх Йосиф основният камък бил положен на 27 април 1892 г. Поради това, че е разположена на песъчлив и податлив терен, конструкцията на храма била направена от сглобяеми железни плоскости - един уникален замисъл на арменския архитект Ховсеп Азнавур.  Изграждането й включвало 500 тона железни сглобяеми компонента, които са пренесени на части от Виена и са сглобени на място на принципа на Айфеловата кула. Църквата е дълга 32.5 м., широка е 12.50 м, като се състои от два етажа. Трикуполна е с прилежаща камбанария висока 40 м. с 6 камбани донесени от Русия, като две от тях са запазени и до днес.

 Единствената останала оригинална част от дървената църква, предшестваща Желязната църква, е каменният й олтар, който все още се използва и до днес и радва посетителите с красотата и изяществото си.

Дворът на желязната църква „Св. Стефан“ в Истанбул е свято и паметно място, където са погребани Иларион Макариополски, Екзарх Йосиф, Паисий Пловдивски и Авксентий Велешки. Това са четирима духовни водачи на българската църковна история, свързани пряко с борбата за църковна независимост и утвърждаване на българската идентичност през XIX век.

Църквата е активно място за поклонение и културни събития. Тя е отворена за посетители, включително туристи и поклонници.